Nuestro logotipo responde a un dibujo con un significado muy especial. Elaborado por Naca Eulalia Pérez de Tudela cuando se funda la Asociación, su sello de presentación es el fondo negro, el cual representa la oscuridad que se experimenta al aterrizar en el mundo de las enfermedades raras.

Los seis colores que aparecen conformando una singular medialuna, hacen referencia a la interculturalidad e intencionalidad que suponen dichas enfermedades, pues como se suele decir, para las enfermedades raras no hay condición de raza, color, dinero, discriminación o selección alguna: todos estamos dentro.

La delgada raya que aparece entre los colores simboliza la línea de la genética, especialidad médica de mucha importancia para este mundo. La separación entre los colores simboliza la búsqueda de esperanza a través de la investigación, tanto para el proceso de afrontamiento como durante la ocupación que nos abarca esta difícil situación que nos separa de la normalidad.

A continuación, el logotipo actual de la asociación, con algunas modificaciones sobre el diseño inicial, que es el que aparece arriba.